巴尔赛奖创建于1956年，由巴尔赛国际基金会提供资金支持及管理。巴尔赛国际基金会的奖励基金来自意大利日报业巨头巴尔赛的遗产，是其女儿为纪念巴尔赛，将其从父亲那里继承的巨额遗产作为基金而捐赠的。

巴尔赛（Eugenio Balzan ) 1874年4月20日出生于意大利北部城市柔维哥附近。在米兰，巴尔赛从业于一家意大利最重要的报业­——晚间邮报，并度过了自己大部分的工作生涯。他从校对、记者开始做起，一步步成功地走入了报社的高层管理，拥有了该报社的一小部分股份。巴尔赛生活简朴，善于理财。1933年，为了反对法西斯的统治，巴尔赛把自己的全部财富投资到了瑞士，并在瑞士定居。起先他生活在苏黎世，然后又居住在卢加诺，直至1953 年7月15日去世。

巴尔赛基金会是国际性的。它由巴尔赛奖和巴尔赛基金会两个工作机构组成。总部设在米兰的巴尔赛奖评选执行机构，主要是根据意大利的法律规定，组织开展有关科学和人文奖项的评选工作。巴尔赛基金会的总部设在瑞士的苏黎世，该机构是按照瑞士法律的规定参与奖项评选的部分组织工作，同时负责管理巴尔赛的遗产。

巴尔赛奖不受国籍、种族、信仰的影响，每年从自然科学及医学和人文艺术两大类中各选两个奖项，共计四个奖项，奖项候选人来自世界各国。候选人的遴选方式是，由巴尔赛奖评选执行机构根据评奖的目标挑选世界各地知名的科学团体与文化组织来征集候选人的名单，最后由欧洲杰出科学家组成的评奖委员会确定获奖者。