依据神话传说，日本第一位天皇是神武天皇。现任天皇为第125任天皇明仁天皇。当今日本的皇室包括日本天皇及皇族。由于皇室成员是传说中神的一族，所以没有人间的姓氏，没有选举权和被选举权，不受日本的户籍法律管理，而由专门制定的《皇室典范》来规范他们的日常生活。

按日本官方的说法，当今的明仁天皇是大和王朝“万世一系”的第125代天皇。虽然据日本两部著名历史书籍《古事记》与《日本书纪》记载，日本的第一代天皇——神武天皇于公元前660年建国即位，后世还把这一天定为日本“建国纪念日”。但实际上，于公元592年登基的推古女王以上的33代天皇似乎都未曾降临过人世（这些天皇均是《古事记》中虚构的，以完成天皇从神到人的过渡）。实际上，第一个自称为“天皇”的，是圣德太子。

公元4世纪中期，今天皇族的祖先统一了割据的小国，在关西地区建立了大和政权。此时中国已进入两晋时期。日本吸收了中国的高度文明，开始使用汉字。6世纪，正式接受儒教，佛教也传入日本。7世纪时，孝德天皇仿效隋唐，锐意政治革新，并以“大化改新”为契机，试图建立一个以日本天皇为绝对君主的中央集权国家。

公元710年，日本定都平城京（现奈良市及近郊），标志着日本皇室开始从古坟时代进入了奈良时代，同时也迎来了律令国家的兴盛时期。与后世相比，奈良时代与此前的古坟时代基本上是男女天皇分掌天下：从公元592年至公元781年近200年间在位的18位天皇中，女性占了八代六位。

8世纪末，日本将都城移至平安京（现在的京都）。开始了在日本历史上具有转折意义的平安时代。在平安朝初年，皇室乃至公卿贵族和文人墨客都大力推崇菊花之美。中国每年的九月初九重阳节在日本又称菊节。在这一天，皇太子率诸公卿臣僚到紫宸殿拜谒天皇，君臣共赏金菊、共饮菊酒。10月，天皇再设残菊宴，邀群臣为菊花践行。也许日本皇族族徽上的菊花便是此时镌刻上去的。遥想当年，平安朝留给人们的记忆似乎就是菊黄蟹肥。

10～11世纪时，皇室的外戚藤原氏垄断政权长达200多年，皇权开始旁落。为了争夺实权，后白河，后鸟羽等几位天皇几乎是成年后就禅位退隐寺院，开设院政，这一时期被史学家们称为“院政时代”。随着武士阶层的兴起，高高在上的日本天皇失去了呼风唤雨的能力，日本进入了幕府时期，其间虽然有后醍醐天皇的“建武中兴”。但昙花一现，日本天皇彻底失去了政治实力，只是作为日本最大的神官在乱世中保存了下来 。

如果说在此前的平安、镰仓、室町及战国时代，日本天皇还多少拥有一些皇室的尊严，那么到了德川幕府时期，所剩无几的一点皇权也被褫夺殆尽。1615年，幕府公布《禁中并公家诸法度》共17条，详细限制了天皇和公卿贵族的权力和行动。《禁中并公家诸法度》明确规定，天皇“以学问为第一”，无须过问国事，凡官员任命、天皇的出巡等均须征得幕府的允准。惟一保留天皇权力的只有第八条“天皇有权按本朝先规决定年号”。